東漢太廟不同時期供奉的西漢皇帝不一樣。光武帝世早期，太廟四時禘祀的西漢皇帝有高帝、文帝、武帝；光武帝世后期，太廟四時禘祀高帝、文帝、武帝、宣帝、元帝、成帝、哀帝、平帝。明帝世，太廟四時禘祀高帝、文帝、武帝、宣帝、元帝、哀帝、平帝。章帝世到靈帝世，太廟四時禘祀高帝、文帝、武帝、宣帝、元帝。獻帝世，太廟四時禘祀高帝、文帝、宣帝。

除此之外先后被遷毀的西漢皇帝只在東漢殷祭時祭祀。

三年冬祫，五年夏禘之時，但就陳祭毀廟主而已，謂之殷。太祖東面，惠、文、武、元帝為昭，景、宣帝為穆。惠、景、昭三帝非殷祭時不祭。

比如光武帝建武十八年在長安祠高廟就屬于殷祭。

十八年三月壬午，祠高廟，遂有事十一陵。

在東漢前期的光武帝、明帝、章帝世和后期的獻帝世，東漢是把西漢一起算進七廟的世數的。

光武帝建武二年，光武在雒陽起高廟，合高祖以下至平帝為一廟，藏西漢十一帝主于其中。但高廟中四時只祀高帝、文帝、武帝三世。

建武三年，光武帝在雒陽立親廟，以父南頓君欽、祖鉅鹿都尉回、曾祖郁林太守外、高祖舂陵節侯買為四親廟。此時的東漢七廟是光武的四親廟加上高廟的太祖高帝、太宗文帝、世宗武帝。

建武十九年，光武帝尊宣、元二帝為祖父，恢復宣帝廟號中宗。東漢七廟分為光武帝在雒陽高廟親祀的高帝、文帝、武帝、宣帝、元帝五世，以及令有司在長安故高廟祀的成帝、哀帝、平帝二世三帝。而光武親父南頓君之上的四世不再算進七廟，改為由園廟所在的各地郡縣祭祀。

光武崩，明帝立。光武帝廟號世祖，明帝因光武帝再受命祖有功，為光武帝立世祖廟。

明帝崩，章帝即位。明帝廟號顯宗，章帝根據明帝的遺詔，把明帝神主放在了世祖廟更衣別室。長安高廟的最后一世（哀帝、平帝）被遷毀。章帝世的七廟分別是雒陽高廟的五世（太祖、太宗、世宗、中宗、元帝），和世祖廟二世（世祖、顯宗）。

章帝崩，和帝立。章帝廟號肅宗，雖然章帝有廟號必定要進廟，但沒人敢提出把七廟里的太祖、太宗、世宗、中宗、元帝、世祖、顯宗任何一帝遷走。這種情況下東漢上下只能裝糊涂，把章帝神主和明帝一樣也藏進世祖廟。和帝世，太廟已經不止七廟了，四時禘祀共八世，包括雒陽高廟的五世（太祖、太宗、世宗、中宗、元帝），和世祖廟的三世（世祖、顯宗、肅宗）。

和帝崩后，東漢先后經歷了殤帝、安帝、順帝、沖帝、質帝、桓帝。除三少帝（殤帝、沖帝、質帝）就陵寢祭祀不進太廟外，為了讓東漢各帝不至于神主一進太廟就被遷走，和帝、安帝、順帝、桓帝都被給了廟號。

到了桓帝崩，靈帝立，東漢太廟四時祀十二主，其中高廟五主（太祖、太宗、世宗、中宗、元帝），世祖廟七主（世祖、顯宗、肅宗、穆宗和帝、恭宗安帝、敬宗順帝、威宗桓帝）。

靈帝時，京都四時所祭高廟五主，世祖廟七主，少帝三陵，（殤、沖、質，三少帝。）追尊后三陵，（安帝追尊祖妣宋貴人曰敬隱皇后、皇妣左氏曰孝德皇后。順帝追尊皇妣李氏恭愍皇后。）凡牲用十八太牢，皆有副倅。故高廟三主親毀之后，亦但殷祭之歲奉祠。

靈帝崩，獻帝即位。蔡邕提出遷毀太廟的神主，世祖廟里的和帝、安帝、順帝、桓帝都不夠資格有廟號，武帝、元帝也要從高廟遷出。

蔡邕論曰：「漢承亡秦滅學之后，宗廟之制，不用周禮。每帝即世，輒立一廟，不止于七，不列昭穆，不定迭毀。孝元帝時，丞相匡衡、御史大夫貢禹始建大議，請依典禮。孝文、孝武、孝宣皆以功德茂盛，為宗不毀。孝宣尊崇孝武，廟稱世宗。中正大臣夏侯勝等猶執異議，不應為宗。至孝成帝，議猶不定。太仆王舜、中壘校尉劉歆，據不可毀，上從其議。古人據正重順，不敢私其君父，若此其至也。后遭王莽之亂，光武受命中興，廟稱世祖。孝明帝圣德聰明，政參文、宣，廟稱顯宗。孝章帝至孝烝烝，仁恩博大，廟稱肅宗。比方前代，得禮之宜。自此以下，政事多釁，權移臣下，嗣帝殷勤，各欲褒崇至親而已。臣下懦弱，莫能執夏侯之直。今圣朝遵古復禮，以求厥中，誠合事宜。元帝世在第八，光武世在第九，故以元帝為考廟，尊而奉之。孝明遵述，亦不敢毀。孝和以下，穆宗、恭宗、敬宗、威宗之號，皆宜省去。五年而再殷祭，合食于太祖，以遵先典。」議遂施行。四時所祭，高廟一祖二宗，及近帝四，凡七帝。

于是根據蔡邕的上奏，東漢太廟改制，又回到了光武、明帝時代兩漢一起算世數，嚴格遵守祀七世的情況。獻帝世的東漢太廟四時祀七主，包括高廟三帝（高帝、文帝、宣帝）、世祖廟四帝（光武帝、明帝、章帝、靈帝）。不久以后漢祿遂告終。