準噶爾平定的同年,南疆白山派(大小和卓)發動了叛亂。同時哈薩克北部的中玉茲主動向乾隆遣使稱藩屬。
次年,哈薩克南部的大玉茲亦上表歸附。
至此,東哈薩克均對大清稱藩,清沒有理由對其征服,相比之下,南疆的大小和卓,以及對云南土司虎視眈眈的緬甸貢榜王朝成為大清首要的敵人。
最終,乾隆一朝于1767,與哈薩克諸部簽訂了協議,允許對方游牧民冬季越境越冬,但開春必須撤離,劃定了雙方邊界,互不侵犯。至此大清對西北的擴張結束,1821~1822年西哈薩克的小玉茲和東哈薩克的中玉茲被沙俄吞沒,大玉茲被浩罕侵占,此時就已經不在清控制之中了。