早期的資料認為，戊戌政變的深層原因是滿漢之爭，慈禧并不一定反對維新，但變法與「滿洲統治」這一根基相抵觸，隨著變法運動的激進化，康有為上奏在華東建設新都，剪掉辮子，改穿西式服裝，改元維新（參《請斷發易服改元折》），意味著脫離清兵入關后在北京周邊設定的旗地、八旗等滿人勢力，轉向對外開放之地上海，斷發、易服、改元意味著對祖法即二百五十年來的清朝統治的全盤否定，因此喚起了滿洲人的抗拒。當時一封致英國代理上海總領事白利南的信中稱：「到光緒意欲改變中國辮子風俗的詔令一傳出（據康說這是真的），旗人的不滿達到頂點。對滿人來說，割掉象征旗人征服漢人的辮子，等于否定旗人在中國的統治。

英國公使竇納樂說道：「最近的一些事件確切表現出太后和旗人派對他們自身安全感到嚴重的驚恐，且視維新運動有害于旗人統治。

維新新黨的領袖都是漢人，在斥責康有為所組織的‘保國會’的上諭中，很有意義地指出，保國會志在保中國（國家）而不保大清（政權）。旗人在摧毀維新派時，能夠博得多數漢族官員的贊同，或至少漠不關心，乃因為光緒采納熱心變法的青年一派的建議從事改革，不但危及他們的權力，甚至危及他們的地位。

康有為的弟弟康廣仁說：「伯兄規模太廣，志氣太銳，包攬太多，同志太孤，舉行太大。當地排者，忌者、擠者、謗者盈衢塞巷，而上又無權，安能有成？」

香港大學博士區仲桃認為，慈禧與光緒早在康有為跟光緒策劃百日維新前已逐步推行改革，康有為的出現某程度上「破壞」了原本改革的進程。康有為提出改革的背后有個人的考慮，而且手法激進，譚嗣同更認為所有變革要流血才會成功。

此外，康有為跟日本關系密切，力邀日本前首相伊藤博文（策劃中日甲午戰爭的主要人物）當光緒的顧問，康有為等人更策動暗殺慈禧，事情敗露后，康有為和梁啟超流亡海外，而譚嗣同則拒絕離開。慈禧對于光緒要殺害自己的計劃感到十分震驚，但在她有生之年對該事件絕口不提。另一方面，在國外的康有為竭力把慈禧和光緒描繪成今天一般人理解的模樣。

上海師范大學教授雷家圣指出：日本前首相伊藤博文在戊戌變法期間到中國訪問。當時英國傳教士李提摩太向變法派領袖康有為建議，要求清朝方面聘請伊藤為顧問，甚至付以事權，變法派官員在伊藤抵華后，紛紛上書請求重用伊藤，引起保守派官員的警惕。保守派官員楊崇伊甚至就事件密奏慈禧太后：「風聞東洋故相伊藤博文，將專政柄。

伊藤果用，則祖宗所傳之天下，不啻拱手讓人。」楊崇伊的激烈言論，促使慈禧太后在9月19日由頤和園回到紫禁城，意欲了解光緒皇帝對伊藤有何看法。

伊藤與李提摩太又向康有為提議「中美英日合邦」，于是在康有為的授意下，變法派官員楊深秀于9月20日上書光緒：「臣尤伏愿我皇上早定大計，固結英、美、日本三國，勿嫌‘合邦’之名之不美。」另一變法派官員宋伯魯也于9月21日上書言道：

「渠之來也，擬聯合中國、日本、美國及英國為合邦，共選通達時務、曉暢各國掌故者百人，專理四國兵政稅則及一切外交等事。」

雷家圣認為，這是欲將中國軍事、財稅、外交等國家大權，交于外人之手，所以慈禧太后驚覺事態嚴重，當機立斷發動政變，重新訓政，結束了戊戌變法。

雷家圣亦認為「合邦」為外國的陰謀，康有為在戊戌變法前即曾與日本人聯系，要與日本人聯合召開「兩國合邦大會議」。戊戌變法開始后，李提摩太又向康有為建議中、美、英、日四國「合邦」，藉以對抗俄國，他指出，這在當時是完全不切實際的。但身為高級知識分子的李提摩太卻向康有為提出這種建議，動機令人懷疑。康有為更向光緒建議要向李提摩太與伊藤博文「商酌辦法」，則控制權將完全掌握在外人手中。因此李提摩太「合邦」的計劃，可以說是一個外交的騙局，利用康有為等人對國際常識不足的弱點，誘騙康有為等人與光緒將交出軍事、財政、外交等權力給外國人，任由外國操控宰割。

美國哈佛大學費正清中國研究中心研究員孔祥吉也認為：「拆穿了李提摩太的西洋鏡，原來是一個赤裸裸的并吞中國的陰謀，……這一合邦計劃幸好沒有實行，倘若付諸實施，則半封建、半殖民地的中國無疑會成為對英美日等資本主義國家的附屬國和殖民地。

」戊戌政變之后，慈禧下令逮捕康有為，將宋伯魯革職拿問，后又處死楊深秀等戊戌六君子，均沒有提到他們有賣國通敵之罪。當時英、日正在中國東北與渤海進行軍事活動，雷家圣認為一旦公布英、日涉及合邦計劃，無異與英、日反目成仇，因此只能以含混之罪名帶過。